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La Química Orgánica Farmacéutica II aborda el estudio de moléculas de las restantes familias de compuestos orgánicos, a partir de los compuestos carbonílicos y siguiendo con los ácidos carboxílicos y derivados. Es una continuidad de la asignatura precedente (Química Orgánica Farmacéutica I). A continuación, se estudian moléculas de mayor complejidad estructural y con interés biológico como los carbohidratos y los compuestos nitrogenados, incluyendo los aminoácidos y péptidos. Se incluyen también compuestos del azufre y los heterociclos. Estos dos grandes grupos de compuestos se abordan solo de manera básica, aportando aquellos aspectos estructurales y las propiedades químicas más importantes que justifican su aplicación en el campo farmacéutico. En esta asignatura las estructuras moleculares son más complejas y en muchos casos polifuncionales, por lo que el estudiante debe ser capaz de aplicar los conocimientos adquiridos en la Química Orgánica Farmacéutica I para las diferentes familias de compuestos más sencillas. Su principal importancia es que se acerca más a los compuestos orgánicos de interés farmacéutico, en los que se presentan principalmente compuestos polifuncionales y tiene en cuenta todo lo aprendido de manera independiente en los compuestos monofuncionales.