La Química Orgánica Farmacéutica II es la segunda asignatura que reciben los estudiantes de la disciplina Química Medicinal. Estudia las familias de los compuestos carbonílicos, ácidos carboxílicos y sus derivados funcionales, cetoácidos, ácidos dicarboxílicos, hidroxiácidos, ácidos sulfónicos y sus derivados, carbohidratos, aminas, sales de diazonio, aminos ácidos y péptidos. De todos estos tipos de compuestos se analiza estructura y su relación con las propiedades físicas y químicas, así como los mecanismos de sus reacciones características. 

Después de haber cursado la asignatura los estudiantes tendrán los elementos químico-estructurales básicos que le permitirán establecer las relaciones entre la estructura de los diferentes fármacos y su posible actividad farmacológica. Podrán trabajar en la aplicación práctica de las propiedades de las sustancias orgánicas y de los mecanismos de sus reacciones en la síntesis, semisíntesis, modificación de estructuras de fármacos u otras biomoléculas, así como en el aislamiento, purificación y análisis de fármacos a partir de fuentes naturales. Así como, podrán dar criterios técnicos sobre las características estructurales y propiedades químicas de los fármacos, y de otras estructuras relacionadas que determinan la actividad y uso de los mismos en el sistema primario de salud.