La Química Orgánica Farmacéutica II forma parte de la Disciplina Química Farmacéutica de la carrera de Ciencias Farmacéuticas, ubicada dentro del plan de estudios en el ciclo básico. En ella los estudiantes aplicarán e integrarán los conocimientos básicos aprendidos en la Química Orgánica Farmacéutica I. En esta asignatura se continua el estudio por familias de compuestos orgánicos en base a la relación de la estructura con las propiedades físicas y el comportamiento químico de éstos, incluyendo los aspectos estereoquímicos, así como se proporcionan las herramientas teóricas necesarias para la interpretación de las reacciones orgánicas y sus mecanismos en que intervienen los diferentes grupos funcionales en el contexto tanto de los organismos vivos como de fármacos. El estudiante después de cursar la parte teórica de la asignatura tendrá los elementos químico-estructurales fundamentales que le permitirán interrelacionarlos con asignaturas de otras disciplinas y podrá establecer relaciones entre las estructuras de los grupos funcionales de los compuestos orgánicos objeto de estudio y sus propiedades fundamentales, aspectos básicos que le permitirán analizar las propiedades de los mismos como fármacos. La asignatura contribuye también al desarrollo de hábitos y habilidades en un laboratorio de Química Orgánica, aspecto importante en la formación de un farmacéutico.